全自动小剂量自动灌装机的工作原理主要涉及以下几个方面：
1. 灌装系统
全自动小剂量自动灌装机的灌装系统主要由盖供给系统、瓶盖、跟踪自动灌装机构等组成。盖供给系统由盖轨、盖修复头和盖磨损机构组成。无序的盖板沿直线排列，然后通过反向扭转轨道进入送盖轨道。在通过瓶盖机构时，瓶子会提起瓶盖并通过盖板，使瓶盖适当磨损。
由伺服电机驱动，齿轮齿条运动，带动灌装针往复运动。通过调整针架与安装架的相对位置，可以将灌装针准确插入瓶口中间。
3. 控制系统
全自动小剂量自动灌装机采用微电脑对微型水泵在灌装时间、电机转速等因素上的控制，达到均匀的、重复误差小的液体灌装方式。
4. 灌装过程
全自动小剂量自动灌装机的工作流程主要包括输入瓶、进料、灌装、出料、输出瓶等五个主要步骤。输入瓶装置通常是一个可以装载易拉罐或玻璃瓶等空容器的部件，传送带将输入瓶送到工作的位置。进料灌头是自动灌装机灌装物料的进口，物料通过重力流到进料口进入进料管，然后进入到输出瓶中。
以上就是全自动小剂量自动灌装机的工作原理，它的主要优点是灌装过程可视，易于判断灌装质量。