医药原料自动灌装机的基本工作原理是利用自动灌装机通过计量方式，将一定的药剂精确地灌装进一个具有一定容量的容器中。一般来说，自动灌装机通常选用凸轮式的灌装原理。
在设备的旋转过程中，凸轮会带动灌装器和注射器进行灌装动作，灌装器在灌装过程中将液体药剂精确注入容器，注射器通过活塞向容器中注射粘稠液体药剂，通过灌装完成整个过程。在灌装过程中，可以设置开关让药品自动灌装机自动停止工作，当容器的药剂数量达到预设值时就会自动停止灌装。
医药原料自动灌装机通常由机座、加药系统、灌装系统、控制系统和增量组成。其中，加药系统主要由药液箱和泵组成，药品液体通过泵抽出并喷入到灌装器中；灌装系统主要是灌装器和注射器，它们不断调整以适应各种不同的药剂；控制系统通常采用微电脑控制，可以控制整个灌装过程的精度和速度；而增量系统则主要是通过计量装置来确保药品灌装的精确度。
在使用医药原料自动灌装机时，需要注意以下几点：先将药品准备好，然后将药品装入容器，启动设备进行灌装，当容器的药剂数量达到预设值时设备会自动停止工作，最后关闭设备清理设备。
此外，还有一种半自动虹吸式农药自动灌装机的工作原理，它主要通过灌装泵进行液体调配和自动灌装。在操作过程中，应全程佩戴相应的防护用品，避免操作过程中对身体产生损伤。
总的来说，医药原料自动灌装机的工作原理主要包括通过计量方式将药剂精确地灌装进容器中，并通过控制系统来控制整个灌装过程的精度和速度。同时，在使用过程中需要注意安全事项，以确保操作的安全性和灌装的精确性。